هناك إجماع بين الباحثين على ارتباط أصول القرامطة بالدعوة الإسماعيلية. لكن غالباً ما عانى بيت الدعوة الإسماعيلي من انشقاقات حادة قادت إلى مصادمات عسكرية بين الفرقاء. وخير شاهد على هذا العلاقات المبكرة بين قرامطة بلاد الشام، وبيت الإمامة الإسماعيلية الذي كان متمركزاً بالسلمية. فقد هاجم الزعيم القرمطي صاحب الخال السلمية وقتل سكانها. وكان بين أهدافه قتل زعماء البيت الإسماعيلي لأنه أعلن نفسه إماماً مهدياً.
هذا وترتبط بدايات الدعوة الإسماعيلية في البحرين بالحركة